Ainsi, au sein de l’UMR DIAPC, notre but est de comprendre, pour les espèces cultivées et leurs apparentés sauvages, l’organisation de leur diversité au travers de l’histoire de leur domestication. Il s’agit d’appréhender la manière dont la diversité génétique, évaluée au travers de la variabilité morphologique des plantes et des différents types de marqueurs moléculaires, s’est crée et continue à évoluer au gré des contraintes évolutives propres à chaque espèce. La diversité actuelle des plantes cultivées a en effet été, en très grande partie, façonnée par les pratiques paysannes. Selon les espèces très nombreux facteurs – système de reproduction, situation géographique, contexte agro-écologique et économiques - ont eu un impact différent sur la dynamique des formes cultivées.
Les espèces cultivées aujourd’hui sont loin d’avoir une histoire comparable et chaque situation devra être examinée avec une approche différente et adaptée. Les plantes méditerranéennes et tropicales étudiées sont pour la plupart des plantes d'intérêt agronomiques. La justification première du choix de plantes comme cibles de recherche par l'UMR DIAPC est le plus souvent leur importance pour la sécurité alimentaire (mil, igname, blé) ou économique (caféier, tournesol, vigne). Certaines plantes étudiées deviennent cependant des "modèles" dès lors qu'elles focalisent le développement de ressources génomiques importantes. C'est le cas notamment de Medicago truncatula, du maïs ou des Triticées, dont l'analyse des génomes bénéficie d'efforts internationaux conséquents. D'autres plantes étudiées, telles que le mil, bénéficient des efforts faits sur d'autres céréales.
La palette de situations biologiques considérées (annuelles/pérennes, reproduction sexuée/végétative, agro-écosystèmes Nord/Sud) à travers un nombre limité de plantes cibles permet à l'UMR DIAPC d'offrir son expertise et son accueil à des institutions partenaires souhaitant étudier des plantes qui leur sont d'un intérêt particulier.
Les céréales, plantes annuelles, ont une histoire de domestication ancienne, remontant à environ 15.000 ans. Elles peuvent avoir subi, comme le blé, domestiqué au Moyen Orient, des diminutions successives de diversité liées à l’origine polyploïde de l’espèce mais aussi aux méthodes de sélection utilisées, notamment au XXème siècle. D’autres, comme le riz, originaire d’Asie, tiennent probablement leur adaptabilité planétaire d’une origine hybride. Le maïs, domestiqué depuis des millénaires en Amérique centrale et du sud, n’a été introduit que récemment en Europe (Période post colombienne). Son introduction s’y est faite par deux voies et a conduit à des formes adaptées au Sud et au Nord de l’Europe. Néanmoins, toutes deux souffrent d’une inadaptation aux conditions de déficit hydrique. A l’opposé, le mil, la céréale des zones quasi désertique du Sahel, est capable de se développer dans des conditions d’aridité extrême.
Les espèces pérennes, on rencontre aussi des situations très contrastées. Des espèces, comme les caféiers, arbustes originaires d’Afrique, n’ont été mis en culture il y a environ cinq siècles et leur « domestication » n’est pas encore accomplie. La diversité mise en culture est très faible par rapport à la diversité génétique présente au sein du complexe. Par exemple, Coffea arabica, hybride naturel très peu variable originaire d’Ethiopie, est principalement cultivé dans des zones géographiques très éloignées de sa zone d’origine. Ses possibilités d’enrichissement génétique sont faibles. A l’inverse pour la vigne, la domestication remonte à l’antiquité et les associations terroir – cépages sont très bien documentées.
Pour d’autres espèces, on ne peut pas réellement parler de domestication mais leur justification peut en être très variée. Il en est ainsi pour les filaos utilisés comme brise-vent ou pour réhabiliter les sols dégradés, ou pour les palmiers néo-tropicaux pour lesquels l’utilisation se rapproche très nettement des stratégies de cueillette.